甲基纖維素廣泛應用于各種口服和局部用制劑中，也被廣泛應用于化妝品和食品中。通常被認為無毒、無致敏、無刺激性。 口服后，甲基纖維素不能被消化或吸收，因此是一種無熱量材料，過螢攝取甲基纖維索可能會暫時地增加腸胃氣脹和胃腸膨脹。 在普通個體中，口服大量甲基纖維素具有通便作用，因此中、髙黏度級纖維素可被用作增容通便劑。 如果將甲基纖維素吞服時伴隨的液體量不足，可能導致食道阻塞。

此外，大量攝取甲基纖維素可能會干擾一些礦物質的吸收，然而，上述不良作用和一些可能的不良作用主要與甲基纖維素作為通便劑有關，而當其作口服制劑輔料時，這些副作用就不再是主要因素了。 雖然已將甲基纖維素用于關節內注射劑和肌內注射劑中，但通常并不將它用于靜脈注射產品。大鼠體內研究表明，靜脈注射甲基纖維素可能會引起腎小球性腎炎和髙血壓。